您的车辆已超出60日或3000公里，对于缸体螺孔螺纹损坏问题，4S店通过更换缸体的方式进行维修是符合汽车三包规定的。如果更换缸体，4S店应当向消费者开具相关维修记录单，注明因质量问题更换了发动机缸体这个主要零部件。如果消费者要求更换发动机总成，可以与4S店协商，4S店可能出于更好地服务于消费者，提高满意度而同意更换发动机总成，但这不是三包规定强制要求的。双方在协商过程中可以就维修记录单、延保和补偿等相关事项一并进行沟通并达成一致。对于保密协议，应当是双方自愿达成的合约，应当充分表达双方真实意志，但合约不能违反国家相关法律法规，如果该保密协议中有违反汽车三包规定的内容，相关内容将视为无效条款，可能存在在一方违约时另一方无法追责的风险。

根据家用汽车三包规定第十八条： 在家用汽车产品包修期内，家用汽车产品出现产品质量问题，消费者凭三包凭证由修理者免费修理(包括工时费和材料费)。经销商对于缸体连接处螺丝螺纹损坏的质量问题提出更换缸体的维修方案是符合三包规定要求的；若双方协商达成一致更换发动机总成，该解决方案优于家用汽车三包规定，并不是规定强制要求的。如果因该质量问题维修超过五日，那么经销商应当向消费者提供第六日开始至维修结束的交通费用补偿或代步车，至于保密协议属于双方的合同行为，如果内容中有违反家用汽车三包规定的条款，则这份保密协议没有任何意义。另外也建议消费者在本网“汽车三包”栏目提交一份汽车争议申请。